本作ではストーリーのソロプレイに加え、プレイヤーと協力してミッションを攻略するCo-opが導入された。最大4人同時プレイが可能で、ほとんどのミッションがCo-opに対応している。Co-opはマップに点在する酒場から参加できる。酒場はCo-opシステムの拠点で、中ではフレンドのゴーストが客としてうろついている。彼らに近づくことでプレイ中のミッションに参加できる。
Co-op中でもプレイヤーの外見はアルノで、他のプレイヤーはランダムな外見となる。これはウォッチドッグスのシステムを採用していると思われる。
残念なことに今作では対戦が無くなった。これはCo-opを優先したUBIソフトの新しい取り組みによるものだ。

アサシンクリードシリーズの大きな特徴である”パルクール”がより使いやすく改善された。
壁のよじ登りがスムーズになり、高い場所から降りる動作もこれまでより軽快になっている。
さらに机の下をスライディングしたり、ボックスウッドの上を滑ったりとできる要素が増えている。

これまでのシリーズでは群衆の最大表示はせいぜい200人ぐらいだったが、ユニティではおよそ1,000人の群衆がそれぞれAIを持ち独立して行動する。AIも強化され、スリを追ったり殴り合いへの参加をしたりする。

従来では敵に見つかってもなぎ倒していくことで強引に突破することができたが、戦闘のリアリティを追求した結果カウンターキルが廃止されたため
本作では敵のAIが強化されているため複数の敵に囲まれるとこれまで以上に苦戦することになる。ここで重要となるのが敵に見つからないように接近し倒すことだ。プレイヤーはより暗殺者らしく振る舞うことが要求されるだろう。